Tozkoparan İskender: Sır

İskender, Sinan, Arda ve Asya bir anda kendi zamanlarından koparılarak 2150'ye getirilir. İskender, onu terk ettiğine inandığı Asya, Arda ve Sinan'a tepkilidir. Uçan robotunu takip ederek tanıştıkları Baykuş, onlara kendi zamanı hakkında bilgi verir ve Salih Hoca'nın yardımlarına ihtiyacı olduğunu söyler.

Tozkoparanlar, Salih Hoca'ya ulaşmayı başarır fakat ondan tekrar ayrılmak zorunda kalırlar. Salih Hoca'dan aldıkları ipucu ile birlikte kendi zamanlarına dönerler ve araştırmaya koyulurlar. Kastor ve adamları da izlerini takip ederek peşlerinden gelir.

Ali Kuşçu'nun muvakkithanesinin Fatih Camii'nde olduğunu tespit eden ekip, caminin içinde gizli bir tünel keşfeder. Bu esnada Kastor ve iki adamı onların daima bir adım arkasındadır.

Kuşçu'nun neslinin son üyesinden gizemli bir kutu alan ekip, bir yandan Kastor'dan kaçarken bir yandan da yeni bilmeceleri çözerek kendilerini bir sarnıçta bulur.

Gizlice daha sinsi bir plan yürüten Kastor, ekibin kaçmasına izin verir. Bu sırada, Tozkoparanlar ele geçirdikleri gizemli aslan plakasını araştırmak için İstanbul Arkeoloji Müzesi'ne giderler.

Kastor'un peşine takıldığı Tozkoparanlar, 16. yüzyıl Osmanlı İmparatorluğu'na yolculuk eder ve burada tam da ona en çok ihtiyaç duydukları anda genç Barbaros Hayreddin'le karşılaşırlar. İskender ve Kastor arasında rıhtımda büyük bir hesaplaşma yaşanır.

İskender ve arkadaşları adaya ulaşmak için yola çıkarlar ve yardım için Murad Han'a başvururlar. Murad Han ve Kastor'un gemileri çarpışırken İskender ile Kastor kıyasıya bir mücadeleye tutuşur.

Hayri'nin yardımıyla İskender ve ekibi adaya ulaşmak için bir tekne temin eder. Ancak haritayı ele geçiren Kastor, onları yakından takip etmektedir. Ada kabilelerinin elinden kurtulan İskender ve arkadaşları kısa süre sonra kendilerini başka bir çıkmazla karşı karşıya bulurlar.

İskender ve arkadaşları Kastor ve adamlarından kaçarak çeşitli yerlere dağılmış gizemli bir nesnenin parçalarını toplarlar. Bir mağarada son parçayı ararken korkunç bir yaratıkla yüz yüze gelirler.

Tozkoparanlar bir dizi engeli aştıktan sonra Kastor ve adamlarıyla nihai bir savaşta karşı karşıya gelirler. Tüm yaşadıkları onlara içlerinde teknolojiden bile daha büyük bir güç olduğunu öğretecektir.